Представлены результаты исследования структуры образцов пленочных инвертированных опалов на основе оксида железа ( III) методом ультрамалоуглового рентгеновского рассеяния. Показано, что исследованные фотонные кристаллы имели ГЦК-структуру с дефектами упаковки, причем количество последних может быть различным для разных образцов. Разработанный метод позволяет легко различить образцы с преимущественной двойникованной ГЦК-структурой и образцы с последовательностью слоев близкой к идеальной ГЦК-структуре. Наблюдаемые различия в структуре образцов, полученных в одинаковых условиях, связаны с вероятностным характером формирования слоев при самосборке коллоидных кристаллов, использовавшихся в качестве темплатов для синтеза инвертированных опалов. Описанный метод анализа структуры фотонных кристаллов является универсальным и может быть эффективно использован для исследования инвертированных опалов на основе различных материалов, коллоидных кристаллов, а также трехмерных фотонных кристаллов других типов.